Définition de la ChémoInformatique


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Superpositions spaciales de molécules, recherche de motif 3D commun



Three-dimensional superposition is an abstract task involving the placement of one object in the space of another. Computational techniques that superimpose molecules...

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Superpositions spaciales de molécules, recherche de motif 3D commun


Modélisation Moléculaire

Ce qu’on appelait autrefois la Chimie Informatique était l’un des piliers de Laboratoire, grâce aux travaux pionniers de Jacques Emile Dubois, fondateur de l’ITODYS, et de ses équipes. La Chimie Informatique à l’ITODYS est dorénavant devenue Modélisation...

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Calcul analytique des surfaces et volumes


Calcul analytique de la surface et du volume de deux types de molécules composées de sphères dures d'égal rayon dont les centres forment soit des triangles isocèles soit des tétraèdres réguliers. Généralisation à des molécules de plus de quatre sphères dont les centres forment des polyèdres réguliers

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Détermination de structures à partir de contraintes




Cette technique calcule l'énergie des atomes (et non plus des électrons) au moyen d'approximations semi-classiques. La simplification considérable des calculs qui en résulte permet de travailler sur des molécules de grande taille, telles que les macromolécules biologiques (protéines, acides nucléiques), ou sur des systèmes comportant un grand nombre de molécules.



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Calculs de mécanique quantique


La modélisation moléculaire a pour but de prévoir la structure et la réactivité des molécules ou des systèmes de molécules.

Les méthodes de la modélisation moléculaire peuvent être rangées en trois catégories :

les méthodes quantiques
la mécanique moléculaire
la dynamique moléculaire

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Les logiciels pour la Chimie

ALSAS
Atelier Logiciel pour le développement de Systèmes d'Aide à la Synthèse
Philippe Jauffret
pj@sic.enscm.fr

ASV
Calcul analytique des surfaces et volumes de Van der Waals
Michel Petitjean
http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html

COSYMA
COnception de Synthèses par Méthode Analogique
Philippe Jauffret
pj@sic.enscm.fr

Les logiciels pour la Chimie


CSR
Superpositions spatiales de molécules ;
recherche de motif 3D commun
Michel Petitjean
http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html

EPIOS
Elucidation structurale en RMN-13C
Michel Carabedian
carabedian@paris7.jussieu.fr

FRAMES
FRamework for Atomic, Molecular and Extended Systems
Francois Colonna
http://galileo.lct.jussieu.fr/~PROJETOOQCB/WIKI/mediawiki/index.php/Main_Page

Les logiciels pour la Chimie


GASP
Générateur Automatique de Structures Polycycliques.
René Barone
rene.barone@vmesa12.u-3mrs.fr

GRAAL
Générateur d'Arômes Alimentaires
(chimie combinatoire)
René Barone
rene.barone@vmesa12.u-3mrs.fr

GRAMS
Générateur de Réseaux pour l'Apprentissage de Méthodes de Synthèse
Philippe Jauffret
pj@sic.enscm.fr

Les logiciels pour la Chimie


HOLOWIN
Aide a la synthèse
René Barone
rene.barone@vmesa12.u-3mrs.fr

ISIDA
In SIlico Design and Data Analysis
Alexandre Varnek
http://infochim.u-strasbg.fr/recherche/isida/index.php

LSD
Détermination de structures a partir de contraintes RMN
Jean-Marc Nuzillard
jm.nuzillard@univ-reims.fr

Les logiciels pour la Chimie


MASSIS
Simulation de spectres de masses a basse resolution
Michel Petitjean
michel.petitjean@cea.fr

QCM
Chiralité et symétrie quantitatives
Michel Petitjean
http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html

RADI
Sphère minimale et coefficients de forme
Michel Petitjean
http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html

Les logiciels pour la Chimie


Logiciels pour la RMN
RMN1, RMN2, RELAX, CHAINE, ECHANGE
Claude Chachaty
claude.chachaty@wanadoo.fr
Logiciels pour la RPE
HRESOL, RIGMAT, DISTRIB, MULTIP, BIRAD, HAMILTON, BRNDF, FNJP, LQCR
Claude Chachaty
claude.chachaty@wanadoo.fr

ChemSketch && ChemBasic
Editeur de formules en 2D et 3D. Optimisation géométrique par mécanique moléculaire.
ChemBasic est un langage de programmation (de type Visual Basic) pour créer des applications basées sur ChemSketch. RasMol
Visualiseur de molécules.

Les logiciels pour la Chimie



Chime
Plug-in pour Netscape ou Internet Explorer. Même principe que RasMol, avec des options supplémentaires (potentiel de lipophilie).

MOPAC
Calculs quantiques semi-empiriques.

Open Babel
Convertisseur de fichiers de coordonnées moléculaires.

Les logiciels pour la Chimie



Tinker
Ensemble très complet de programmes pour la mécanique et la dynamique moléculaires.

PovChem
Permet de créer des images de molécules en 3D par la technique du "tracé de rayons" à l'aide du logiciel POV-Ray.

Vega
Ce programme permet de calculer un grand nombre de propriétés moléculaires (volume, lipophilie...), d'analyser des trajectoires de dynamique moléculaire et de réaliser divers traitements sur les fichiers de coordonnées. (Note : la version Windows de Vega contient une copie de MOPAC, permettant de réaliser des calculs quantiques).

Les logiciels pour la Chimie


MMTK
Molecular Modelling Toolkit (MMTK) est une extension du langage Python permettant de créer des programmes de dynamique moléculaire. MMTK requiert les extensions Numeric Python et Scientific Python

VMD
Visual Molecular Dynamics (VMD). Visualiseur de trajectoires de dynamique moléculaire. Le site présente en outre une très belle collection d'images et d'animations.

EPI Suite
Ensemble de programmes permettant de calculer diverses propriétés physiques telles que le coefficient de partage octanol/eau.

Les banques de données pour la Chimie


CHIRBASE
banque de données pour la séparation chromatographique chirale
lien vers le site

THERMODATA
banques de données et logiciels experts
pour la thermochimie
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Site bioinformatique
lien vers le site

Les banques de données pour la Chimie


SXD
Extraction liquide - liquide de metaux
lien vers le site

href="http://www.webelements.com/"> WebElements
Classification périodique des éléments.

Fundamental physical constants
Valeurs des principales constantes physiques dans les différents systèmes d'unités.

Les banques de données pour la Chimie


NIST Chemistry WebBook
Base de données du NIST (National Institute of Standards and Technology). Données thermochimiques, spectres IR, UV, spectres de masse... Des modèles en 3D sont disponibles pour certains produits.

Molecular Modeling Database (MMDB)
Protéines.

Klotho
Composés biochimiques.

Les banques de données pour la Chimie



Chemistry at Okanagan University College
Nombreux composés organiques, substances naturelles et quelques médicaments de synthèse.

MathMol
Composés carbonés simples, biomolécules, médicaments.

ProTherm
Base de données thermodynamiques sur les protéines.

Les laboratoires de recherche impliqués

La chemoinformatique : Les travaux dans ce domaine ont pour objectif principal de sélectionner des molécules (les clés) capables de se lier à des protéines (les serrures) d’intérêt thérapeutique afin de ...

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Les laboratoires de recherche impliqués

La communauté Francophone des scientifiques travaillant dans le domaine de la Chemoinformatique s'est réunie ...

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Les laboratoires de recherche impliqués

Laboratoire d'Infochimie UMR 7177, ULP, STRASBOURG
We are happy to hereby announce the Strasbourg Summer School on Chemoinformatics 2008. This school will take place in Obernai...

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condition d'accés et pré-requis


Pour le M1 : connaissance théorique solide en chimie et en chimie-physique exigée. Des connaissances de base en chimie générale, en chimie-physique, en chimie-biologie, en chimie organique, en chimie de coordination, en chimie inorganique et solide et en physique sont indispensables pour poursuivre en Master. Sur le plan de l'informatique, il sera nécessaire de savoir manipuler des logiciels habituels de bureautique et INTERNET.

Pour le M2 : Connaissance des matères suivantes : programmation en C et en HTML ; systèmes d'exploitation; langage SQL et modèle relationnel de bases de données ; chimie quantique et modélisation moléculaire. Niveau élémentaire en statistiques.

Admission d'élèves ingénieurs : Le Master « CHIMIE », spécialité « Chemoinformatique » pourra accueillir dans certaines UE les étudiants en année d'alternance désireux de se perfectionner en chemoinformatique.

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Les Formations



Lieux de formation
Programme de la formation

université Louis Pasteur Strasbourg

université Pierre et Marie Curie

Les débouchés et l'insertion professionnelle


Les étudiants titulaires du Master Chemoinformatique peuvent s'insérer dans divers secteurs industriels : dans les domaines de l'industrie chimiques et pharmaceutiques, en occupant des postes de modélisateurs (chimie, biologie, docking, génomique), de concepteur de bases de données chimiques ou de criblage virtuel, d'analystes de chimiothèques, dans les domaines de l'informatique comme programmeur ou analyste. Les débouchés pourrons également s'effectuer dans des entreprises de hautes-technologies. ou dans les secteurs de l'informatique industrielle (Création et diffusion de logiciels pour la chimie, logiciels de gestion ou de conduite de procédés, logiciels pour l'appareillage scientifique etc.)
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Les étudiants ayant obtenus leur diplôme en chemoinformatique ces dernières années ont trouvés des postes soit en chemoinformatique soit en informatique dans des grandes entreprises internationales comme Merck (Darmstadt), Nestlé (Lausanne) ou dans des PME telles que Discovery Engineering (Région Parisienne), ChemCad (Obernai), Chrysalen (Région Lyonnaise).
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Les entreprises qui recrutent dans ce domaine


Ingénieur modélisation H/F QSAR/QSPR/chémoinformatique

Ingénieur modélisation H/F QSAR/QSPR/chémoinformatique

Offres d'emploi dans le domaine de la BioInformatique, Modélisation Moléculaire, QSAR, ...

Offres d'emploi - pharmaceutique

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